Βρήκα μια λύση:
Για το ac3filter σε dvd, είδα ότι έπαιζε o microsoft dd decoder (παρ' όλο που είχα δηλώσει prefer ac3 filter στο μενού). Πήγα στο vista codecs - common tools - list installed codecs και τον έκανα disabled. Τώρα το ac3filter τρέχει κανονικά.
Για τα mkv, στο ffdshow έκανα στα codecs το raw video από all supported σε disabled. Το ffdshow τώρα δουλεύει κανονικά στα dvd, ενώ στα mkv εμφανίζεται μόνο o coreavc (με haali media splitter) και παίζουν άψογα, μέσα από το media center.
Συγγνώμη για την άσχετη ερώτηση, αλλά σε τι ακριβώς χρησιμεύει το raw video=all supoprted? Στην προκειμένη περίπτωση, που όλο μου το υλικό είναι dvd και mkv θα χάσω κάτι?